Bu modül, BiopharmaLynx içinde bir metodun nasıl oluşturulacağını ve peptit haritalandırma verilerinin nasıl prosesleneceğini özetlemektedir. Sindirilmiş bir monoklonal antikor (Trastuzumab) için örnek bir metot oluşturulur ve bu metot kullanılarak verileri proseslemek için analiz oluşturulur.