Spektrum penceresi, kütle spektrumları ile etkileşim kurmak için kullanılan birincil MassLynx aracıdır. Bu modül size Spektrum penceresinde daha yaygın olarak gerçekleştirilen kullanıcı görevlerini gösterecektir. Ek olarak, bazı MassLynx spektrum araçları gösterilmektedir.