Bu modül, bozulmamış protein çalışmaları için bir Quadrupole Time of Flight spektrometresinin cihaz kurulumuna ilişkin konuları açıklar. Özellikle, cihaz ayarı, veri toplama için kütle aralığı ve doğru kütle ölçümlerinin güvencesi ile ilgili hususları tartışır. Bu modül, bozulmamış protein analizi için deneysel metot dosyasının nasıl oluşturulacağının bir gösterimi ile sona ermektedir.