Bu modül, kütle spektrometrisi parçalanma spektrumlarından denovo dizi peptitleri oluşturmak için MaxEnt 3 ve BioLynx yazılımının nasıl kullanılacağını tartışacaktır. Modül, MaxEnt 3'e bir giriş, verilerin otomatik ve manuel bir iş akışında nasıl işleneceği ve peptitlerin nasıl denovo modifiye edilmiş hale getirileceğini kapsayacaktır. Ayrıca Data Directed Analysis (DDA) ve MS E ile elde edilen verilerin nasıl işleneceğini de kapsar.