Peptidlerin analizi, büyük boyutları, yapıları ve kimyaları ile numunelerin kompleksliği nedeniyle küçük moleküllerin (örneğin ilaçlar) analizinden daha zordur. Daha iyi kromatografi ve gelişmiş hassasiyet için bazı analitik zorluklar ve öneriler tartışılmıştır.